CAR-T细胞治疗预后的潜在生物标志物：Tregs特征基因
弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）是一种起源于成熟B细胞的高侵袭性非霍奇金淋巴瘤（NHL）[1]。尽管大部分DLBCL患者在一线治疗后取得良好疗效，但仍有30%-40%的患者进展为复发/难治性弥漫性大B细胞淋巴瘤（R/R DLBCL）[2]。近年来，嵌合抗原受体T（CAR-T）细胞疗法已在R/R DLBCL中取得了突破性进展。
转录组学和遗传学的发展极大地推动了对DLBCL发病机制的理解，并揭示了许多潜在的治疗靶点。调节性T细胞（Tregs）是一类具有免疫抑制功能的CD4+ T细胞亚群，其通过抑制T细胞的增殖和细胞因子的分泌，发挥免疫调节作用，以维持免疫稳态并防止自身免疫反应。然而，Tregs在DLBCL中的作用仍存在争议。近期，《Hematol Oncol》杂志发表了一项研究，旨在探讨Tregs特征基因是否可以作为预测CAR-T细胞治疗后持续缓解的潜在生物标志物[3]。
1. 筛选DLBCL中Tregs特征基因
研究筛选出227个Tregs特征基因以供后续分析。基因本体论（GO）注释分析显示，Tregs特征基因主要富集于T细胞活化、增殖、分化及适应性免疫反应方面，而京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析表明，Tregs特征基因主要富集于T细胞受体通路（hsa04660）、细胞因子‐细胞因子受体相互作用（hsa04060）、NF‐κB信号通路（hsa04064）、肿瘤中的PD‐L1和PD-1免疫检查点通路（hsa05235）和TNF信号通路（hsa04668）。
2. Tregs特征基因可预测DLBCL临床结局
研究确定了六个Tregs特征基因（CTSC、SAT1、HACD1、TNFRSF18、NR3C1、NMT2）构建预后特征评分模型。根据中位风险评分，将DLBCL患者分为低风险评分组和高风险评分组。生存分析显示，低风险评分患者与高风险评分患者相比，具有显著更优的生存结局。此外，通过构建受试者工作特征（ROC）曲线验证风险评分的有效性。数据显示，与单个基因相比，风险评分对预后的预测能力更佳，1年、3年和5年生存率的ROC曲线下面积（AUC）分别为0.763、0.758和0.793。ROC分析还显示，风险评分在预后方面优于其他潜在生物标志物，如国际预后指数（IPI）和细胞起源（COO）分类。这些发现表明，Tregs特征基因在预测DLBCL临床结局方面具有显著效能。
3. Tregs特征基因与DLBCL分型具有相关性
采用卡方检验分析风险评分与DLBCL主要临床特征的相关性。结果显示，风险评分与IPI评分呈显著正相关。此外，两个风险评分组患者表现出不同的COO分布，即高风险评分组以活化B细胞样DLBCL（ABC-DLBCL）为主，而低风险评分组以生发中心B细胞样DLBCL（GCB-DLBCL）为主。进一步分析内部队列（TMU-CHI）的风险评分发现，低风险评分组对一线R-CHOP/R-CHOP样方案治疗的缓解率更高。基于COO分类进行了亚组分析显示，风险评分在预测ABC-DLBCL和GCB-DLBCL患者的生存结局方面具有显著优势。
4. Tregs特征基因是DLBCL预后的独立预测因子
在三个独立队列（包括两个外部队列和一个内部队列）中对风险特征的预后能力进行评估。为验证该特征在不同人群中的适用性，仅纳入接受标准免疫化疗方案的患者进行生存分析。结果显示，在每个独立队列中，高风险评分组患者的生存结果显著劣于低风险评分组。风险评分被确认为DLBCL预后的独立预测因子。这些发现进一步证实风险特征在不同人群中的广泛适用性。
5. 不同Tregs特征基因亚组的DLBCL基因特征存在差异
研究对GSE181063队列（n = 446）中靶向测序数据的突变谱进行分析。结果显示，风险评分与肿瘤突变负荷（TMB）无显著相关性，不同风险组间TMB水平差异无统计学意义。突变谱分析显示，高风险评分组中PIM1、MYD88、DTX1、CARD11、CD79B、ETV6、BCL6和CDKN2A突变较为常见，主要导致Hippo、NOTCH、MYC、细胞周期和TP53信号通路失调；而低风险评分组中TNFRSF14和DNMT3A突变更为常见，主要导致PI3K和RTK-RAS通路失调。
一项分类研究将DLBCL分为以下亚型：MCD（MYD88和CD79B突变共存）、N1（NOTCH1突变）、EZB（EZH2突变和BCL2易位）、BN2（BCL6融合和NOTCH2突变）、ST2（SGK1和TET2突变）以及A53（以TP53失活为特征的异倍体）。研究发现，高风险评分组中不良预后的MCD亚型比例较高，而低风险评分组中预后良好的ST2和EZB亚型比例更高。
6. 不同Tregs特征基因亚组的TME存在差异
研究采用ESTIMATE算法计算每例患者的免疫评分和肿瘤纯度，以评估不同风险组间的差异。结果显示，高风险评分组的免疫评分较高，但肿瘤纯度无显著差异。为进一步探究风险特征与肿瘤微环境（TME）的相关性，应用功能基因表达特征（FGES）量化与TME相关的细胞亚型、TME的非细胞成分及生物过程。不同风险组间的FGES分布存在显著差异。尽管各组间肿瘤浸润淋巴细胞无显著差异，但高风险评分组倾向于呈现免疫抑制性微环境，而低风险评分组的TME中非细胞成分更为丰富。
7. Tregs特征基因对CAR-T细胞疗效具有预测作用
研究探讨了Tregs特征基因对CAR-T细胞疗效的预测价值。首先确定了两个对CAR-T细胞治疗后缓解持续时间（DOR）有显著影响的基因：TNFRSF25和SELL。基于这两个基因，构建了另一个预后特征模型。根据中位风险评分，将接受CAR-T细胞治疗的患者分为低风险评分组和高风险评分组。生存分析显示，低风险评分组比高风险评分组具有更长的DOR和无事件生存期（EFS）。此外，低风险组中持续缓解者的比例更高。
研究进一步分析了CAR-T细胞回输产品中的Tregs。结果显示，未缓解者风险评分较高，而缓解者的风险评分较低。此外，低风险组中缓解者比例更高。总之，Tregs特征基因可以作为CAR-T细胞疗效的预测标志物，无论是基于治疗前活检样本还是回输产品进行评估。
小 结
本研究通过整合单细胞（Single-Cell）和整体（Bulk）转录组数据，研究开发了一种基于六个Treg特征基因的预后特征模型，将根据模型计算的风险评分用于预测DLBCL的临床结局。不同风险组的特征与相应的免疫学特征显著相关。此外，Tregs特征基因TNFRSF25和SELL的表达水平可作为预测CAR-T细胞治疗后缓解的潜在生物标志物，有望为临床决策提供重要参考。
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审批编号：NP-NHL-Axi-Cel-2025.3-26 valid until 2027.3
供稿与审核：临床开发与医学部